Khu vực Belize xưa là địa bàn của bộ tộc người Maya. Văn minh Maya phát triển rực rỡ nhưng sau tàn lụi. Đến thế kỷ 17 người Anh đến định cư và thành lập thị trấn Belize ở vị trí ngôi làng Holzuz cũ của người Maya. Năm 1884, Belize được chọn làm thủ phủ của xứ Honduras thuộc Anh. Năm 1970 thì chính phủ chuyển cơ sở hành chính đến Belmopan và Thành phố Belize chỉ còn giữ địa vị chủ chốt kinh tế mà thôi.

Đáng kể nhất trong lịch sử Belize là trận bão Hattie năm 1961 tàn phá thành phố gần như toàn phần. Hậu quả của cơn bão đó là chính sách dời đô vào Belmopan vì vị trí duyên hải của Thành phố Belize không tránh khỏi nạn bão hàng năm.